Masa Pemerintahan K. H. Abdurrahman Wahid
Terpilihnya K. H. Abdurrahman Wahid (Gus Dur) sebagai presiden Republik Indonesia keempat pada tanggal 20 Oktober 1999 tidak terlepas dari keputusan MPR yang menolak laporan pertanggungjawaban Presiden B. J. Habibie. Berkat dukungan partai-partai Islam yang tergabung dalam Poros Tengah, K. H. Abdurrahman Wahid mengungguli calon presiden lain yakni Megawati Soekarnoputri dalam pemilihan presiden yang dilakukan melalui pemungutan suara dalam rapat paripurna ke-13 MPR.
Megawati Soekarnoputri sendiri terpilih sebagai wakil presiden Republik Indonesia setelah mengungguli Hamzah Haz dalam pemilihan wakil presiden melalui pemungutan suara pula. Megawati Soeakrnoputri dilantik menjadi wakil presiden pada tanggal 21 Oktober 1999.
Pasangan K. H. Abdurrahman Wahid dan megawati kemudian membentuk Kabinet Persatuan Nasional pada tanggal 28 Oktober 1999. Disamping membentuk Kabinet Persatuan Nasional, Presiden Gus Dur membentuk DEN (Dewan Ekonomi Nasional). Adapun maksud pembentukan DEN adalah memperbaiki ekonomi Indonesia yang belum pulih akibat krisis yang berkepanjangan. Ketua DEN Prof. Emil Salim, Wakilnya Subiyakto Cakrawerdaya, dan Sekretaris Dr. Sri Mulyani Indrawati. Anggota DEN antara lain Anggito Abimanyu, Sri Adiningsih, dan Bambang Subianto.
Dalam menjalankan tugasnya K. H Abdurrahman Wahid mengalami banyak persoalan yang harus dihadapi sebagai warisan persoalan pemerintahan Orde Baru (Orba). Persoalan yang paling menonjol adalah masalah KKN, pemulihan ekonomi, masalah BPPN, kinerja BUMN, pengendalian inflasi, mempertahankan kurs rupiah, masalah jarring pengaman sosial (JPS), munculnya disintegrasi, serta penegakan hukum dan HAM (hak asasi manusia).
Belum tuntas menyelesaikan persoalan-persoalan peninggalan pemerintah Orde Baru, pemerintahan K.H. Abdurrahman Wahid dihadapkan pada persoalan-persoalan lain. Hal tersebut berkaitan dengan kebijakannya yang dinilai banyak kalangan sangat kontroversi. Puncak kekecewaan DPR dibuktikan dengan dikeluarkannya Momerandum I pada tanggal 1 Februari 2001 untuk Presiden K. H. Abdurrahman Wahid, yang kemudian disusul dengan Memorandum II pada tanggal 30 April 2001. Memorandum I dan Memorandum II yang dikeluarkan DPR untuk Presiden K. H. Abdurrahan Wahid dibalas dengan dekret preisden.
Secara umum dekret Presiden K. H. Abdurrahman Wahid tersebut berisi mengenai pembekuan MPR dan DPR RI, mengembalikan kedaulatan ke tangan rakyat dan mempersiapkan pemilu dalam waktu satu tahun dan meyelamatkan gerakan reformasi dai hambatan unsur-unsur Orde bAru sekaligus membekukan Partai Golkar sambil menunggu keputusan Mahkamah Agung. Namun isi dekret tersebut tidak dapat dijalankan terutama karena TNI dan Polri yag diperintahkan untuk mengamankan langkah-langkah penyelamatan tidak melaksanakan tugasnya. Seperti yang dijelaskan oleh Panglima TNI Widodo A. S. sejak tahun 2001 bulan Januari, baik TNI maupun Polri konsisten untuk tidak melibatkan diri dalam politik praktis.
Pada saat yang sama Ketua MPR Amien Rais secara tegas menolak dekret tersebut. Puncaknya terjadi ketika MPR atas usulan DPR memeprcepat Sisang Istimewa MPR. Dalam Sidang Istimewa tersebut MPR menilai Presiden Abdurrahman Wahid telah melanggar Ketetapan MPR No. VII Tahun 2000. Kemudian dalam Sidang Istimewa MPR tnggal 23 Juli 2001, MPR memilih Megawati Soekranoputri sebagai presiden Republik Indonesia menggantikan Presiden K. H. Abdurrahman Wahid . Keesokan harinya ketua umum PPP Hamzah Haz dilantik sebagai wakil presiden Republik Indonesia. Dengan terpilihnya presiden Megawati Soekarnoputri sebagai Presiden Republik Indonesia dan Hamzah Haz sebagai wakil presiden Republik Indonesia, maka berakhirlah masa kekuasaan Presiden K. H. Abdurrahman Wahid.